更新时间: 2025-10-20 23:08:20
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来自形态、生化和基因序列数据的证据表明，地球上的所有生物都具有遗传相关性，生物的谱系关系可以用一棵巨大的进化树、生命之树或进化树来表示。
进化树是一种图，其中正在研究的序列表示为叶节点()，内部节点和分支描述序列之间的进化关系。 在大多数情况下，DNA 序列是来自不同生物体()的基因序列，可能代表生物体的实际进化。
分别来自人类、黑猩猩、小鼠和鱼类物种的 4 个基因序列
我们还将假设这些是在各自物种中将葡萄糖转化为能量的同源或等效基因(homologous/equivalent genes)。 4个基因的假设进化树可以从下图看出
这棵树显示了来自四个物种的现代或现存基因是如何相互进化的。 树显示有一个共同的祖先基因（树的根）分裂或进化成2个不同的基因； 一个是当今的 基因，另一个是小鼠、黑猩猩和人类的共同祖先基因。 然后，小鼠、黑猩猩和人类的共同祖先基因进化成今天的 的共同祖先基因。 最终，
分支长度显示了 4 个基因相对于彼此的相对进化。 例如， 序列在从共同祖先序列中分离出来后，进化程度是黑猩猩序列的两倍。 基因序列之间的进化距离是从一个序列到另一个序列的分支长度的总和。
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最近我们学习系统进化树，就把相关论文/文档看一看，软件用一用，逐步就会对这一主题有所了解。其中碰到的问题，再深入去学习。
请问细菌全基因组序列怎么构建进化树啊 零基础小白一枚[捂脸]
其实稍微了解一下基础知识就明白了。进化树是什么？是直观展示样本之间进化关系的树。那进化的本质原因是什么？是变异。进化树就是展示变异的一种形式。
回到群友的问题，要构建系统进化树，首先要找到基因组序列之间的变异，可以采用的手段有：
所以，要构建系统进化树，就必须找到样本之间的差异。不管是全基因组、SNP、保守基因或者Motif序列，首先要做的就是多序列比对。我们今天就来学习一个非常流行的多序列比对工具：MUSCLE。
MUSCLE全称是Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation，是一款开源的快速多序列比对软件。MUSCLE由Robert C. Edgar开发，其最显著的特点是高精度和高速度，在生物信息学界广受欢迎。
MUSCLE采用了渐进式比对和横向精炼的方法来提高多序列比对结果。它通过一系列复杂的步骤，如构建序列发生树、计算Kimura距离矩阵等，来不断优化比对结果，确保我们得到的是最准确的对齐序列。在许多基准测试中，MUSCLE的表现都非常优异，尤其是在中小规模数据集上。
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